我國目前全民健保納保率達到99%以上，使得健保資料成為醫藥衛生相關領域研究中具有代表性的實證資料，其研究成果可作為醫藥衛生政策的參考，為重要的研究資源。自民國87年起，中央健康保險局(現改制為健保署)即委託國衛院推動「全民健康保險研究資料庫」之建置，經過兩年籌備，本院自民國89年起提供學界健保資料庫加值服務，以利相關研究。

目前對學術界提供「一般申請」與「特殊需求」兩類服務，「一般申請」係提供四種制式光碟片加值資料檔，包括基本資料檔、系統抽樣檔、特定主題分檔、承保抽樣歸人檔等；「特殊需求」則由研究人員依研究計畫提出擷取條件，本院工作人員自加值資料庫擷取特定資料後提供。基於隱私保護，加值資料中個別及機構身分欄位，均經健保署加密及本院再加密處理。申請案悉依「全民健康保險研究資料庫資料加值服務申請原則」辦理，且以最少資料原則與抽樣原則處理後提供。本項服務依使用者付費原則，酌收製作成本費，收費標準係經健保署核定後公告實施。