將醫事機構病床主檔(BED)、醫事機構診療科別明細檔(DETA)、醫事機構基本資料檔(HOSB)、專科醫師證書主檔(DOC)、醫事人員基本資料檔(PER)、重大傷病證明明細檔(HV)，以及門診、住院費用總表等九類資料檔，製成一分檔光碟發行。承保檔雖屬基本資料(registry)，因其檔案較大，另以「特定主題分檔」發行。

依系統抽樣法抽取製作而成的資料檔，計有：

1. 住院醫療費用清單明細檔（DD）及住院醫療費用醫令清單明細檔（DO）系統抽樣：先自DD檔中以系統比例抽樣法抽取樣本，針對這些樣本再以費用年月、申報類別、醫事機構代號、申報日期、案件分類及流水號六個欄位值為辨識值，自DO檔中，抓取這些樣本所相對應之醫令。上述DD檔之抽樣為以月為單位，抽樣比為1/20。

2. 門診處方及治療明細檔（CD）及門診處方醫令明細檔（OO）系統抽樣先自CD檔中以系統比例抽樣法抽取樣本，針對這些樣本再以費用年月、申報類別、醫事機構代號、申報日期、案件分類及流水號六個欄位值為辨識值，自OO檔中，抓取這些樣本所相對應之醫令。上述CD檔之抽樣為以月為單位，抽樣比為1/500。

由本院依不同主題擷取資料製成之加值資料分檔，目前發行下列14種檔案，由於各分檔每年發行光碟片數量不同，申請時請務必查閱資料清單。

1.中醫藥(CM)：門診處方及治療明細檔（CD）之中醫藥分檔。

2.癌症(CN)：擷取門診處方及治療明細檔(CD)，至少符合下列四項條件其中之一之所有資料。

欄位名稱為「特定治療項目代號一」或「特定治療項目代號二」或「特定治療項目代號三」或「特定治療項目代號四」其值為12、D1、D2者。

欄位名稱為「國際疾病分類號一」或「國際疾病分類號二」或「國際疾病分類號三」，其前三碼介於140～239者。

欄位名稱為「國際疾病分類號一」或「國際疾病分類號二」或「國際疾病分類號三」，其前三碼介於A08～A17者。

欄位名稱為「主手術代碼」，其值為V57或V58。

3.糖尿病(DB)：擷取門診處方及治療明細檔(CD)，至少符合下列二項條件其中之一之所有資料。

欄位名稱為「國際疾病分類號一」或「國際疾病分類號二」或「國際疾病分類號三」，其前三碼為250者。

欄位名稱為「國際疾病分類號一」或「國際疾病分類號二」或「國際疾病分類號三」，其前四碼為6488、7751、7902、6480、A181者。

4.住院醫療費用清單明細檔(DD)：住院醫療費用申報資料。

5.牙醫(DN)：門診處方及治療明細檔（CD）之牙醫分檔。

6.特約藥局(G)：特約藥局處方及調劑明細檔（GD）與特約藥局處方醫令檔（GO）。

7.重大傷病醫療資源使用(HV)：擷取門診處方及治療明細檔(CD)，欄位名稱為「部分負擔代號」，其值為001（重大傷病）之所有資料。

8.承保檔(ID)：承保資料，不包含軍方單位投保之保險對象資料，而無基本資料之被保險人及其眷屬投保記錄亦不提供。91年之資料為歷史資料，92年起提供在保及停保記錄，投保狀態為轉出或退保者，僅提供最後一筆異動記錄。

9.外傷(IN)：擷取門診處方及治療明細檔(CD)，至少符合下列二項條件其中之一之所有資料。

欄位名稱為「國際疾病分類號一」或「國際疾病分類號二」或「國際疾病分類號三」，其第一碼值為E者。

欄位名稱為「國際疾病分類號一」或「國際疾病分類號二」或「國際疾病分類號三」其值之前三碼介於800～959者。

10.醫學中心(MC)：85-95年由「醫事機構基本資料檔」欄位名稱為「評鑑等級」，其值為01（醫學中心）或02（準醫學中心）之「醫事機構代號」，擷取對應至門診處方及治療明細檔(CD)所有資料。96年起由「醫事機構基本資料檔」欄位名稱為「特約類別」，其值為1（醫學中心）之「醫事機構代號」，擷取對應至門診處方及治療明細檔(CD)所有資料。

11.論病例計酬(NC)：擷取門診處方及治療明細檔(CD)，至少符合下列五項條件其中之一之所有資料。

欄位名稱為「案件分類」為81者。

欄位名稱為「國際疾病分類號一」或「國際疾病分類號二」或「國際疾病分類號三」，其前三碼為592者。

欄位名稱為「國際疾病分類號一」或「國際疾病分類號二」或「國際疾病分類號三」為27411者。

欄位名稱為「主手術代碼」，前三碼為132、133者。

欄位名稱為「主手術代碼」，其值為5300、5301、5302、5329、9851、1311、1319、1341、1342、1343、1351、1359、1371、3001、3009、3022、3142者。

12.職業病與職業傷害(OC)：擷取門診處方及治療明細檔(CD)，欄位名稱為「給付類別」，其值為1(職業傷害)或2(職業病)者之所有資料。

13.1996-2001精神疾病住院病患歸人檔(PSY)：自1996年至2001年之「全民健保住院醫療費用清單明細檔」(DD)中擷取就醫科別(序號12)為精神科(代碼為13)、及診斷代碼(序號24、25、26、27、28)之ICD_9_CM前三碼為290至319之任一項或A-code為A210至A219之任一項之每一筆住院資料，自每一筆住院資料擷取其已轉碼之身份證統一編號(ID)共91,104人，將91,104個ID1996年至2002年在「全民健保研究資料庫」中所有就醫資料擷取出來而得。

14.2002-2007精神疾病住院病患歸人檔(PSY)：自2002年至2007年之「全民健保住院醫療費用清單明細檔」(DD)中擷取就醫科別(序號12)為精神科(代碼為13)、及診斷代碼(序號24、25、26、27、28)之ICD_9_CM前三碼為290至319之任一項之每一筆住院資料，自每一筆住院資料擷取其已轉碼之身份證統一編號(ID)共140,854人，然後將這些人當中在1996年至2001年間因精神疾病住院的91,104人排除後，得「2002~2007年新增之精神疾病住院病人」共96,013人，擷取其在1996年至2007年「全民健保研究資料庫」中所有就醫資料而得。

15. 2008-2013年精神疾病住院病患歸人檔(PSY)：自2008年至2013年之「全民健保住院醫療費用清單明細檔」(DD)中擷取就醫科別(欄位名稱FUNC_TYPE)為精神科(代碼為13)、及診斷代碼(ICD_9_CM)前三碼為290至319之任一項之每一筆住院資料，自每一筆住院資料擷取其已轉碼之身份證統一編號(ID)共144,305人，排除「1996年至2001年間精神疾病住院病患」及「2002年至2007年新增之精神疾病住院病患」後(總計排除1996至2007年精神疾病住院病患共63,615人)，得「2008~2013年新增之精神疾病住院病人」共80,690人，擷取其歷年在「全民健保研究資料庫」中所有就醫資料而得。

16.交通意外事故(TRA)：擷取住院醫療費用清單明細檔(DD)，至少符合下列二項條件其中之一之所有資料。

欄位名稱為「汽車交通事故代號」，其值為Y者。

欄位名稱為「主診斷代碼」或「次診斷代碼一」或「次診斷代碼二」或「次診斷代碼三」或「次診斷代碼四」，其值介於E800～E848者。

17.復健治療(RH)：擷取門診處方及治療明細檔(CD)，至少符合下列二項條件其中之一之所有資料。

欄位名稱為「特定治療項目代號一」或「特定治療項目代號二」或「特定治療項目代號三」或「特定治療項目代號四」，其值為D3或D0者。

欄位名稱為「主手術代碼」，其值為93者。

1.承保抽樣歸人檔：
以承保資料檔(ID)為抽樣母群體，採簡單隨機抽樣後，得到樣本ID(人)，然後擷取每人各年所有就醫申報資料(包括門診、住院及特約藥局），製成承保抽樣歸人檔。抽樣歸人檔從兩千年開始製作，以每五年為一個世代抽樣一次，2000年共抽100萬人，以五萬人為一組發行；2005年共抽100萬人，以四萬人為一組發行；2010年共抽100萬人，以四萬人為一組發行。在抽樣檔的代表性方面，統計抽樣檔之年齡、性別分布，以及平均投保金額，與母體間均無顯著差異。詳細的抽樣方法說明請參考承保抽樣歸人檔網頁。

2.糖尿病人抽樣歸人檔：
以有住院糖尿病診斷或住院處方降血糖用藥者，或一年內有兩次門診糖尿病診斷者，或者一次門診糖尿病診斷，另一次降血糖門診處方用藥者，定義為糖尿病病人。依病人最早之糖尿病診斷日期訂出這些人的糖尿病發生年(incidence year)，得到每年的糖尿病新增病例(incidence)，在每年的新增病例中隨機抽取12萬人，擷取其所有的就醫資料製作成為糖尿病人抽樣歸人檔。詳細的製作方法說明請參考糖尿病抽樣歸人檔網頁。

3.肺癌病人歸人檔：
於1997-2013年的重大傷病證明明細檔(HV)中，以欄位名稱「診斷代碼」之前三碼符合162或前四碼符合A101者，定義為肺癌病人。依病人申請重大傷病卡的年份訂出這些人的肺癌發生年(incidence year)，得到每年肺癌新增病例(incidence)，擷取其所有的就醫資料製作成為肺癌病人歸人檔。詳細說明請參考”肺癌病人歸人檔”網頁。